Có ý kiến cho rằng, không nên gọi Rùa Hồ Gươm là rùa, mà nên gọi là ba ba lớn hay giải. Trong tiếng Trung Quốc, loài này được gọi là ban miết hay lại đầu ngoan (ba ba chốc đầu) và loại rùa da trơn có vỏ mai mềm (miết, ngoan) này không được xếp vào hàng tứ linh của các loài Long, Lân, Quy, Phụng vì nó không phải là Quy về mặt danh xưng.[8] Tuy nhiên, về mặt khoa học thì "rùa", "ba ba" hay "giải" chỉ là tên gọi dân gian ở Việt Nam, còn về danh pháp khoa học thì tất cả đều là những phân họ trong bộ Rùa, nên gọi tất cả đều là "rùa" là đúng về mặt khoa học.

Rùa Hồ Gươm

Rùa Hồ Hoàn Kiếm có kích thước rất lớn, đầu tương đối nhỏ và rộng, mõm ngắn, tròn, vòi rất ngắn, lưng màu vàng lục có những đốm vàng, yếm bụng màu trắng nhạt. Mai rùa cứng chứ không mềm.

Theo di thể rùa chết vào thập niên 1960 hiện lưu giữ trong đền Khiêng hòm thì cá thể đó cân nặng 250 kg với chiều dài 2,1m và chiều rộng 1,8 m. Cá thể ở Hồ Gươm mà thành phố Hà Nội bắt để chữa trị vết thương trên thân rùa hồi tháng 4 năm 2011 là giống cái, nặng 169 kg với chiều dài toàn thân của Rùa là 185 cm; chiều rộng mai là 99 cm, chiều dài đuôi là 35 cm.[9][10]

Cũng theo giả thuyết của PGS Lê Trần Bình, Rùa Hồ Hoàn Kiếm có thể có nguồn gốc từ Lam Kinh, Thanh Hóa, cùng quê với vua Lê Lợi, và được vua Lê thả vào Hồ Gươm, vì trước đó không có thông tin gì về loài rùa lớn nào tại Thăng Long[11] Theo GS Lê Trần Bình, so sánh cho thấy mẫu ADN của rùa hồ Gươm giống rùa Quảng Phú - Thanh Hóa.[10]

Năm 2010, có một cá thể rùa mai mềm thuộc loài khác (cụ thể là ba ba Nam bộ) với chiều dài 1,2 m nặng 52 kg chết ở Hồ Gươm và đã được TS. Vũ Ngọc Thành nguyên cán bộ khoa Sinh, ĐH Khoa học Tự nhiên Hà Nội làm tiêu bản.[12]

Rùa ở hồ Đồng Mô và Xuân Khanh

Một cá thể rùa bị bắt và thoát chết năm 2008 tại Đồng Mô, Hà Tây cũ, cũng được xem là đồng chủng với Rùa Hồ Gươm,[13] có chiều dài 90 cm, ngang 70 cm, cân nặng chừng 80–90 kg, mép màu vàng, đầu đốm rằn ri và mai màu xanh xám.[14] Ông Douglas Hendri, giám đốc Chương trình Bảo tồn rùa châu Á đã từng dựng lều trại tại bờ hồ, rồi đêm ngủ tại lều, ngày theo ngư dân đánh cá để tìm kiếm rùa.[14] Ông Douglas bullet khẳng định đã làm xét nghiệm ADN rùa Đồng Mô tại Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật và kết quả xét nghiệm cho thấy rùa Đồng Mô cùng loài với rùa Hồ Gươm, cùng loài Rafetus swinhoei với cả hai cá thể hiện đang được nuôi dưỡng trong vườn thú ở Trung Quốc.[14] Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên Quốc tế (CI) cũng xác định con rùa mai mềm lớn ở Đồng Mô thuộc loài Rùa Hoàn Kiếm.[15]

Năm 2018, đã có ảnh chụp về một cá thể mới ở hồ Xuân Khanh, nâng tổng số cá thể còn tồn tại được biết đến của loài này lên 3 cá thể.

Năm 2020, có triển vọng tìm ra thêm một cá thể mới ở hồ Đồng Mô. Nếu cá thể này được khẳng định thì sẽ nâng tổng số cá thể còn tồn tại được biết đến của loài này lên 4 cá thể, trong đó 3 cá thể ở Việt Nam và 1 cá thể ở Trung Quốc. Những phát hiện này mang lại nhiều cơ hội hơn cho công tác bảo tồn cho loài rùa quý hiếm nhất thế giới này.